Pierwsza wersja programu została napisana jako prosta apliacja do obsługi protokołu POP3. Obecnie PopTray jest pełnowartościowym programem pocztowym, który zawiera:
Dodatkowo użytkownik decyduje o sposobie informowania o nowych wiadomościach (dźwięk, pojawiające się okienko itd.). Istnieje również możliwość zdefiniowania skrótów klawiaturowych dla większości funkcji programu.
Funkcje PopTray można rozszerzać za pomocą dostępnych wtyczek.
